De vez em quando vejo discussões sobre a importância de um código limpo quando o assunto é otimização de site. Não entendo muito qual é a dúvida a respeito disso. Um código bem feito não faz milagre mas ajuda e muito.
Primeiro devemos lembrar que a otimização é acima de tudo uma forma de deixar o site melhor para os visitantes e para os mecanismos de busca. Seria um bom começo pensar na estrutura do site como um todo e o código é parte (essencial) dele. Fazer um site que seja validado dentro dos padrões W3C é muito importante mas não é tudo. O que deve ser considerado enfaticamente é o uso correto da semântica.
A partir do momento que você sabe muito de semântica, vai trabalhar bem na separação de código estrutural e formatação, que deve SEMPRE ser feita por CSS. O site não deve conter elementos de formatação em seu código, ficando os mesmos somente no arquivo CSS.
Assim o seu site será melhor visto pelo Google e outros mecanismos. Quando vemos um site com código bem feito sem a formatação (”desligamos” o CSS), a sequência de elementos mantém uma ordem lógica que facilita o spideamento. Os mecanismos de busca conseguem entender como navegar pelo site e indexar as páginas. Um site com código sujo e incorreto porém gera confusão, os elementos não são mostrados corretamente e o resultado é muitas vezes desastroso.
Não esqueçam que cada elemento da linguagem XHTML tem um motivo para ser usado. Pense nisso na hora de fazer o seu código. Dê os espaços e pesos corretos a headers, listagens etc. Com certeza o seu site ficará bem melhor rankeado!